Руководство области отнеслось с пониманием к позиции авиапредприятия и в принципе его поддержало, обещая (и реализуя обещания) посильную финансовую помощь. Удалось убедить и федеральные органы власти, которые в дальнейшем отказались от гибельной в тот период для Вологодского авиапредприятия идеи его разделения.
Самые серьезные изменения, естественно, произошли в 1996–1998 гг., когда предприятие вынуждено было из-за невостребованности на рынке авиаперевозок:
— отказаться от убыточных регулярных авиаперевозок по внутренним авиалиниям;
— сократить до нуля парк самолетов Ан-2;
— списать излишний парк самолетов Як-40 и Ан-28;
— довести численность эксплуатируемых аэропортов до 6;
— сократить численность персонала фактически вдвое;
— ввести жесточайший режим экономии на всем;
— установить твердые правила организации оплаты труда, прямо связанные с финансовыми итогами производственной деятельностью;
— усилить направление рентабельного бизнеса, связанного с применением вертолетов, в частности, Ми-8;
— отправить часть самолетов Як-40 и Ан-28 с экипажами на заработки за рубеж или сдать в аренду в России, за пределами области.
Эти действия дали эффект, но он был постепенным, что с одной стороны свидетельствовало об укрепляющемся производственном потенциале предприятия и правильности выбранного пути, а с другой – давало право кредиторам и, в первую очередь, представителям государства ставить перед руководителем авиапредприятия все более жесткие требования.
На пути стабилизации экономического положения предприятия были серьезные проблемы и потери. Так, в результате нестабильной политической ситуации в центральной Африке, где работали наши экипажи и самолеты Як-40 и Ан-28, погиб командир самолета и оказался раненым второй пилот.
Из-за технической невозможности вернуться в Россию после исчерпания межремонтного ресурса произошло вынужденное списание 2-х самолетов Ан-28.
В результате значительного роста рисков для здоровья экипажей и сохранности авиационной техники в 1998 году было принято решение прекратить работу за рубежом (в Африке) и полностью сосредоточиться на освоении внутреннего российского рынка. Как показала дальнейшая практика – решение было своевременным и правильным.
Однако за все эти бурные годы борьбы за сохранение Вологодского авиапредприятия понимание и реальную поддержку мы находили не только в Правительстве области и у руководителей большинства районов, где располагались аэродромы, но и у руководства Северо-Западного управления воздушного транспорта в лице Ю.А. Балакина, П.В. Ненюкова и их подчиненных.
В 1999 году по решению комитета по управлению имуществом Вологодской области предприятие было акционировано в форме открытого акционерного общества и наступил новый этап в его становлении – поиск реального инвестора для целей развития инфраструктуры воздушного транспорта на территории области и улучшения авиационного обеспечения жителей области и субъектов бизнеса.
Начиная с 2000 года по инициативе Губернатора области В.Е. Позгалева авиапредприятие выполняет регулярные авиационные перевозки по внутренним линиям на самолетах Як-40, что позволило сохранить дефицитные летные кадры, улучшить социальное обеспечение работников предприятия и сделать его более привлекательным для заинтересованных инвесторов.
Необходимо отметить, что наибольший вклад в сохранение жизнеспособности предприятия внесли летчики: В.В. Нипорка, С.Н. Данилов, С.П. Яковлев, В.Н. Рычков, К.И. Шлейкин, И.И. Корякин, М.Т. Владимиров; инженеры и техники: В.М. Поляков, С.А. Якунин, И.А. Кривошеина, В.А. Щукин, А.К. Вьялкин, А.М. Смирнов; специалисты наземных служб: Н.А. Чеблоков, В.Г. Первов, В.Г. Воробьев, А.С. Амосов, Н.А. Ордин, И.А. Зугрова, И.В. Палладий, В.Д. Прусаков, В. . Туркин, Д.А. Попов.
С июня 2013 года предприятие возглавил Жоголев Валерий Евгеньевич. С его приходом авиапредприятие расширило географию авиаработ. В сферу экономических интересов были включены Архангельская, Московская, Мурманская, Ярославская области, республики Карелия и Коми, Краснодарский край. Растёт авиапарк. Идёт освоение новых типов авиационной техники. В настоящее время предприятие имеет в свидетельстве эксплуатанта пять самолётов Як-40. 17 вертолётов Ми-8, включая современные модификации Ми-8МТВ-1 и Ми-8АМТ. Три самолёта Ан-2, выполняющих охрану лесов Вологодской области и республики Карелия. С 2017 года предприятие принимает участие в Национальном проекте «Обеспечение своевременности оказания экстренной медицинской помощи гражданам, проживающим в труднодоступных районах Российской Федерации». Благодаря Национальному проекту в 2018 году парк авиапредприятия пополнился новым современным вертолётом Ми-8АМТ с медицинским модулем на борту, который с первых дней появления на вологодской земле приступил к выполнению санитарных полётов.
Предприятие не останавливается на достигнутом и с оптимизмом смотрит в будущее. Так в планах заменить ЯК-40 на современные воздушные суда. Расширять возможную географию полётов. Закрывать потребность в авиаработах в регионах присутствия.